Международное сотрудничество осуществляется под руководством Международного управления КГТУ.
Основными направлениями деятельности являются:
БГАРФ является полномочным членом Международной ассоциации морских университетов — International Association of Maritime Universities, Балтийской университетской программы — Baltic University Programme.
В академии обучаются студенты из Вьетнама, Марокко, Туниса, Сирии, Конго и Панамы.
Дипломы Балтийской академии рыбопромыслового флота признаны иностранными государствами.
Академия поддерживает партнерские отношения с высшими морскими школами городов Гдыни и Щецина (Польша), Институтом морского транспорта и торговли и Институтом педагогики Гданьского университета, Клайпедским университетом, Институтом физики Польской академии наук, Институтом макромолекулярной химии Высшей Технической Школы г. Аахена (Германия), муниципалитетами городов Карлскруны и Кальмара (Швеция), Познаньским университетом им. А. Мицкевича (Польша), Педагогическим институтом Кальмарского университета (Швеция), Национальным университетом Вьетнама, Высшей технической школой Вильдау (Германия) и др.