В профессорско-преподавательском составе академии — 9 докторов и 65 кандидатов наук.
1966 — Постановлением Совета Министров СССР № 330 от 30 апреля организовано Калининградское высшее мореходное училище — КВМУ. 13 июня приказом министра рыбного хозяйства ректором КВМУ назначен — Юрий Поликарпович Клетнов. Обучение велось на единственном факультете — «Морском».
1967 — На базе морского созданы судоводительский и судомеханический факультеты.
1969 — КВМУ переименовано в Калининградское высшее инженерное морское училище — КВИМУ.
1970 — Первый выпуск радиоинженеров.
1971 — Первые выпуски по всем специальностям. Первый набор иностранных студентов.
1973 — Создан радиотехнический факультет. Открыта подготовка специалистов без отрыва от производства.
1977 — Первый выпуск курсантов заочной формы обучения.
1978 — Введено в строй новое общежитие, большинство курсантов переведено на казарменное положение.
1980 — Впервые в училище создана интернациональная рота, куда вошли советские и иностранные курсанты.
1984 — На судоводительский и радиотехнический факультеты впервые в истории училища приняты девушки.
1985 — Ректором вуза назначен Александр Петрович Пимошенко.
1991 — КВИМУ преобразовано в Балтийскую государственную академию рыбопромыслового флота — БГАРФ. На баланс академии передано учебно-парусное судно «Крузенштерн». Как подготовительная ступень системы непрерывного морского образования в академии, начал работу Калининградский Морской лицей.
1991 — 1993 — На базе академии создан Балтийский региональный центр (БРАЦ) для аттестации и переподготовки командных кадров флота рыбной промышленности.
1994 — В структуру БГАРФ введен Всероссийский институт повышения квалификации работников рыбной промышленности. Открыта аспирантура по 9 специальностям.
1995/1996 — Первое кругосветное плавание УПС «Крузенштерн», посвященное 300-летию Российского флота, продолжительностью 308 суток.
1997 — Открыта специальность «Организация перевозок и управление на транспорте».
1998 — Открыта специальность «Коммерция». Военно-морская кафедра преобразована в факультет военного обучения.
1999 — Открыта специальность «Автоматизированные системы обработки информации и управления».
2002 — Открыты специальности: «Автомобили и автомобильное хозяйство», «Автосервис и фирменное обслуживание», «Защита в чрезвычайных ситуациях».
2005 — 2006 — Второе кругосветное плавание барка «Крузенштерн», посвященное 60-летию Победы в Великой Отечественной войне и 200-летию первого кругосветного плавания российских моряков под руководством И.Ф. Крузенштерна длительностью 425 суток.
2006 — Открыт диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по техническим наукам. Организован транспортный факультет. Открыты три новые специальности: «Техническая эксплуатация судов и судового оборудования», «Эксплуатация перегрузочного оборудования портов и транспортных терминалов», «Комплексное обеспечение информационной безопасности автоматизированных систем». Создан Институт профессиональной педагогики.
2007 — Экономический факультет преобразован в Институт прикладной экономики и менеджмента.
2008 — Конференцией коллектива академии ректором избран Владимир Алексеевич Волкогон. Начал работу Союз выпускников БГАРФ-КВИМУ.
2009–2010 — Международная трансатлантическая экспедиция барка «Крузенштерн», посвященная 65-летию Победы советского народа в Великой Отечественной войне, 90-летию образования рыбной промышленности России и 60-летию первой российской сельдяной экспедиции. Длительность экспедиции — 297 суток.
2010 — По Распоряжению Правительства РФ от 2 августа 2010 года № 1303-р и согласно приказа Федерального агентства по рыболовству от 9 сентября 2010 года № 769 Калининградский морской рыбопромышленный колледж вошел в состав Балтийской государственной академии рыбопромыслового флота в качестве структурного подразделения.
2011 — БГАРФ впервые признана Минтрансом РФ в качестве учебного заведения, обладающего правом ведения подготовки членов экипажей морских судов. Академия успешно прошла сертификацию на международный стандарт систем менеджмента ISO 9001:2008.
2012 — Присоединение БГАРФ в качестве обособленного структурного подразделения в КГТУ. Начальником академии назначен Сергей Михайлович Карпович.
2013 — на базе Института повышения квалификации создан Балтийский центр морского профессионального образования.
2014 — участие барка «Крузенштерн» в XXII зимних Олимпийских Играх в Сочи.
2015 — в год 70-летия Победы в цикле мероприятий вуза — Международная историко-мемориальная экспедиция барка «Крузенштерн».
2016 — год 50-летнего юбилея академии, 90-летие барка «Крузенштерн».
2017 — из Мурманского государственного технического университета передан в эксплуатацию самый большой в мире учебный барк «Седов».
2019 — начальником академии назначен выпускник БГАРФ Александр Владимирович Грунтов.
2019 — 2020 — Кругосветная экспедиция парусников Росрыболовства с участием барков «Крузенштерн» и «Седов» (БГАРФ, Калининград) и фрегата «Паллада» (Дальрыбвтуз, Владивосток), посвящённая 200-летию открытия Антарктиды и 75-летию Победы в Великой Отечественной войне. За время экспедиции на учебных парусниках прошли практику почти 700 курсантов учебных заведений Росрыболовства.